Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) merupakan fakultas kesembilan dan termuda di UIN Alauddin Makassar resmi didirikan pada tanggal 21 Maret 2012 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendis Kementerian Agama RI Nomor 523 Tahun 2012 tentang rekomendasi pembukaan FEBI. Selanjutnya, Surat Keputusan Rektor Nomor Un.06.2/Kp.07.6/304/2013 tanggal 11 Juli 2013 mengesahkan pembukaan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, menandai pemisahan program studi rumpun ekonomi dan bisnis dari Fakultas induknya, yakni Fakultas Syariah dan Hukum menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam UIN Alauddin Makassar.

Pendirian FEBI sejalan dengan aspirasi berbagai pihak termasuk dosen, mahasiswa, dan orang tua mahasiswa yang menginginkan pembentukan Fakultas tersendiri bagi tiga program studi utama dalam bidang ekonomi dan bisnis yaitu manajemen, akuntansi, dan ilmu ekonomi. Kehadiran fakultas ini diharapkan dapat menghasilkan lulusan yang sesuai dengan bidang program studi tersebut, sementara evaluasi terkait penamaan yang dianggap tidak sesuai dengan spesifikasi program studi yang ada.

Proses pembentukan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam di UIN Alauddin Makassar tidak terlepas dari upaya keras pimpinan pada periode tersebut yang dimulai sejak awal tahun 2010. Prof. Dr. H. Ambo Asse, M.Ag., selaku Dekan Fakultas Syariah dan Hukum menginisiasi permohonan kepada Rektor UIN Alauddin Makassar untuk menambahkan kata “Ekonomi” pada nama Fakultas Syariah dan Hukum, sehingga menjadi “Fakultas Syariah, Hukum, dan Ekonomi”. Usulan tersebut kemudian disampaikan oleh Prof. Dr. H. Azhar Arsyad, MA., selaku Ketua Senat, dalam Rapat Senat Universitas. Meskipun mendapat persetujuan secara aklamasi, namun terkendala dalam penerbitan surat keputusan. Keadaan ini menimbulkan kegelisahan di kalangan mahasiswa yang berharap agar Fakultas Ekonomi dapat segera terbentuk.  

Di pertengahan tahun 2010, Dekan mengemukakan harapannya dan mempresentasikan rencana pembentukan Fakultas Ekonomi di hadapan rapat senat Fakultas Syariah dan Hukum pada bulan Oktober tahun yang sama. Usulan pembentukan Fakultas Ekonomi sebagai pemekaran dari Fakultas Syariah dan Hukum mendapat respons positif dari anggota Senat Fakultas,bahkan beberapa di antaranya mengusulkan untuk segera mengimplementasikannya. Sebagai langkah awal, Dekan segera menerbitkan surat keputusan persetujuan dari Senat terkait pendirian Fakultas Ekonomi.

Pada bulan Oktober tahun 2010, Dekan mengusulkan pembentukan panitia untuk menyusun proposal Fakultas Ekonomi. Namun, usulannya mengalami penundaan dalam penerbitan SK panitia penyusunan Fakultas Ekonomi. Pada tanggal 6 Januari 2011 setelah pelantikan Rektor, Dekan berupaya bertemu dengan Karo Akademik dan Kemahasiswaan, Bapak Drs. H. M. Yusuf Rahim, M.M., untuk mempercepat proses pembentukan panitia. Akhirnya, pada bulan Januari 2011, SK Panitia tersebut diterbitkan dengan melibatkan perwakilan dari beberapa fakultas lingkup UIN Alauddin Makassar.

Pada awal bulan Februari 2011, panitia melakukan pertemuan lengkap di mana beberapa masukan disampaikan untuk mengubah nama Fakultas Ilmu Sosial Ekonomi dan Politik menjadi Fakultas Ekonomi. Keputusan akhir disetujui untuk menamainya sebagai Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam setelah melalui proses yang panjang dari penyusunan hingga revisi proposal pendirian. Pada tanggal 21 Maret 2012, terbitlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI yang merekomendasikan pembukaan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam di UIN Alauddin Makassar tahun 2012. Pada tanggal 28 Mei 2013, Rektor menyampaikan di hadapan Rapat Senat tentang pemisahan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam dari Fakultas Syariah dan Hukum Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar. Senat UIN Alauddin secara aklamasi menyambut dan menyetujui penyampaian tersebut.

Pada Rapat Senat tanggal 03 Juli 2013, Rektor UIN Alauddin mengumumkan dua nama yang diharapkan memimpin Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam sebagai pejabat sementara (Pjs) Dekan: Prof. Dr. H. Ambo Asse, M.Ag, dan Pjs Wakil Dekan: Dr. H. Muslimin Kara, M.Ag. Tanggal 17 Juli 2013, Rektor melakukan penyerahan Surat Keputusan kepada pejabat sementara Dekan dan Wakil Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Kedua pejabat yang ditunjuk menjalankan tugas dengan komitmen untuk memastikan segera diterbitkannya Peraturan Menteri Agama RI tentang pendirian Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam UIN Alauddin Makassar.  

Berkat perjuangan dan keseriusan dari semua pihak, Fakultas Ekonomi & Bisnis Islam UIN Alauddin bersama dengan lima Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam lainnya di IAIN/UIN se-Indonesia, menerima Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 85 tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri yang menetapkan berdirinya secara resmi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Hingga saat ini, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam UIN Alauddin Makassar memiliki lima program studi, yaitu Ekonomi Islam, Manajemen, Akuntansi, Ilmu Ekonomi, dan Perbankan Syariah